فى مخيم رفح للاجئين عام ١٩٥١، ولد فتحى الشقاقى وفقد أمه وهو فى الخامسة عشرة من عمره، درس فى جامعة بيرزيت بالضفة الغربية، وعمل فى سلك التدريس بالقدس فى المدرسة النظامية ثم جامعة الزقازيق بمصر، وعاد إلى الأراضى المحتلة ليعمل طبيباً فى مستشفى المطلع بالقدس، وبعد ذلك عمل طبيباً فى قطاع غزة. كان فتحى الشقاقى قبل عام ١٩٦٧ ذا ميول ناصرية،
وقد أثرت هزيمة ١٩٦٧ تأثيراً بارزاً على توجهاته، حيث انخرط فى ١٩٦٨ بالحركة الإسلامية إلا أنه اختلف مع الإخوان المسلمين، وبرز هذا الخلاف بعد سفره لدراسة الطب فى مصر عام ١٩٧٤م فأسس هو ومجموعة من أصدقائه حركة الجهاد الإسلامى أواخر السبعينيات، واعتقل فى مصر فى ١٩٧٩، بسبب تأليفه كتابه «المقاومة.. الحل الإسلامى والبديل»،
ثم أعيد اعتقاله فى ٢٠/٧/١٩٧٩ بسجن القلعة على خلفية نشاطه السياسى والإسلامى لمدة أربعة أشهر. غادر الشهيد المعلم مصر إلى فلسطين فى ١/١١/١٩٨١ سراً بعد أن صار على قوائم المطلوبين فى الأمن المصرى. قاد بعدها حركة الجهاد الإسلامى فى فلسطين، وسجن فى غزة عام ١٩٨٣ لمدة ١١ شهراً، ثم أعيد اعتقاله مرة أخرى عام ١٩٨٦ وحكم عليه بالسجن الفعلى لمدة ٤ سنوات، و٥ سنوات مع وقف التنفيذ لارتباطه بأنشطة عسكرية والتحريض ضد الاحتلال الصهيونى ونقل أسلحة إلى القطاع.
وقبل انقضاء فترة سجنه قامت السلطات العسكرية الإسرائيلية بإبعاده من السجن مباشرة إلى لبنان فى ١ أغسطس ١٩٨٨ بعد اندلاع الانتفاضة الفلسطينية. تنقل بعدها الشهيد المعلم فتحى الشقاقى بين العواصم العربية والإسلامية، لمواصلة جهاده ضد الاحتلال الصهيونى إلى أن اغتالته أجهزة الموساد الصهيونى فى مالطا يوم الخميس فى مثل هذا اليوم ٢٦ أكتوبر ١٩٩٥ وهو فى طريق عودته من ليبيا إلى دمشق، بعد جهود قام بها لدى العقيد القذافى بخصوص الأوضاع الفلسطينية المتدهورة على الحدود المصرية،
وكان يحمل جواز سفر ليبياً باسم إبراهيم الشاويش. وقد اغتاله «الموساد» لمسؤوليته عن تنفيذ عملية بيـت ليد فى ٢٢ يناير ١٩٩٥ التى أسفرت عن مقتل ٢٢ عسكرياً إسرائيليا وأكثــر مــن ١٠٨ جرحى وكان مركز يافا للدراسات قد أصدر موسوعة بأعمال فتحى الشقاقى السياسية والفكرية والثقافية.